Bioinformatik im Unterricht
Gen-Sequenzen als Textdatei
- Blutgerinnungsfaktor VIII der Maus: Ein Strukturdefekt in diesem Gen verursacht die häufigste autosomal-dominant vererbte Variante der Bluterkrankheit (Angiohämophilie). [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Grün fluoreszierendes Protein (GFP) der Qualle: Protein, das Tiere wie die Qualle Aequorea victoria bei Bestrahlung mit blauem UV-Licht grün leuchten lässt. Es wird gerne in der Molekularbiologie als Markierung an Proteinen eingesetzt. [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humane Alkoholdehydrogenase: Dieses Enzym kommt vor allem in der Leber vor und ist dafür verantwortlich Alkohole zu Aldehyden (z.B. Ethanol zu Ethanal) abzubauen. Die von Mensch zu Mensch unterschiedliche Menge an diesem Enzym in den Zellen ist für die jeweilige "Trinkfestigkeit" der Person verantwortlich. [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humaner Cannabinoid-Rezeptor: Rezeptor im Gehirn, der empfänglich für die Droge Cannabis und ihre endogenen Verwandten sind. Er moduliert synaptische Prozesse und verändert dadurch die Stimmung und Wahrnehmung der Cannabis-Konsumenten. [Beschreibung bei Wikipedia zu Cannabis] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humanes Insulin: Spielt eine Rolle in der Blutzuckerregulation und ist bei Diabetes-Patienten zu wenig vorhanden bzw. durch Resistenzen nicht mehr wirksam. [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humane DNA-Ligase: Ligasen können DNA- oder RNA-Fragmente zusammenfügen, wenn sie über passende Schnittstellen verfügen. Die menschliche DNA-Ligase spielt zum Beispiel eine wichtige Rolle bei Reparaturen am Genom. [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humanes p53: Regulator für den Zellzyklus und mitverantwortlich für die Einleitung von Reparatur- oder Selbstmordprozessen (Apoptose) in der Zelle. Falls er defekt ist steigt die Krebsgefahr stark an, da der Zellzyklus außer Kontrolle gerät. [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humane RNA-Polymerase II: RNA-Polymerasen sind für die Transkription der Gene verantwortlich, die RNA-Polymerase II stellt in der Regel messenger-RNA (mRNA) her. (Hier wird lediglich die Sequenz der Alpha-Kette behandelt.) [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
- Humanes Prion-Protein: Das normal Prion-Protein ist ein Glykoprotein und kommt vor allem im Nervensystem und Gehirn vor. In einer fehlerhaften Faltung kann es normale Proteine gleichfalls in die falsche Konformation zwingen und so Krankheiten wie die Creutzfeldt-Jakob-Krankheit auslösen. [Beschreibung bei Wikipedia] [Beschreibung bei GeneBank (engl.)] [Download der Sequenz als Textdatei]
Interessante bioinformatische Werkzeuge
Sehen Sie sich bitte auch die reguläre Link-Seite an.- ClustalW: Das Europäische Bioinformatik Institut bietet mit ClustalW die Möglichkeit an, online Stammbäume aus DNA- oder Aminosäuresequenzen erstellen zu lassen. Es vereint damit mehr oder weniger die Funktionen der "Offline-Programme" ClustalX und TreeView. Eine kurze, bebilderte Anleitung ist auch hier zu finden. (engl.)
- T-Coffee: Erweiterung zu ClustalW, die eine nettere, farbige Darstellung von DNA-/Protein-Vergleichen erlaubt. (engl.)
- ExPASy Proteomics Server: Einstiegspunkt zu den wichtigen Protein-Datenbanken Swiss-Prot und TrEMBL. Außerdem gibt es Links zu den wichtigsten Werkzeugen zur Proteinstrukturanalyse. Primär-, Sekundär- und Tertiärstrukturen können, z.B. von SWISS-MODEL, simuliert, Ähnlichkeitssuchen druchgeführt und 3D-Bilder betrachtet werden. (engl.)
- National Center of Biotechnology Information: Dieses Portal des amerikanischen National Institute of Health bietet die wichtigsten Datenbanken zum Durchsuchen an. Außerdem kann man hier komfortabel BLAST-Suchen mit Nukleotiden oder Aminosäuresequenzen durchführen und nach wissenschaftlichen Arbeiten zu speziellen Themen, z.B. in PubMed, suchen. (engl.)
- DeepView: Dieses Programm dient dazu offline PDB-Dateien, also 3D-Modelle von Proteinen, zu betrachten und manipulieren. (engl.)
- Protein Explorer: Dieses Plug-In für Browser (z.B. den Internet Explorer) ermöglicht das Betrachten und drehen von Proteinen. Nebenbei erhält man zusätzliche Information zu dem betrachteten Protein aus der Datenbank. (engl.)
- PLoS Journals: Kostenlose wissenschaftliche Journale über Biologie, Medizin und Bioinformatik. Die Public Library of Science hat als nonprofit Organisation eine Gegenbewegung zu den immer teurer werdenden Zeitschriften à la Nature gestartet und ist recht erfolgreich. (engl.)
